Varėnos medinė sinagoga įrašyta į Kultūros vertybių registrą
Kul­tū­ros ver­ty­bių re­gis­tras pa­pil­dy­tas me­di­ne dvie­jų aukš­tų Va­rė­nos si­na­go­ga: ji yra uni­ka­li Lie­tu­vos ne­kil­no­ja­mo­jo pa­vel­do bei svar­bi Va­rė­nos žy­dų is­to­ri­jos da­lis.

Į kultūros vertybių registrą įrašytai medinei Varėnos sinagogai nustatytas vietinis reikšmingumo lygmuo. Vertingosios savybės, suteikusios teisinę sinagogos apsaugą, yra architektūrinio ir memorialinio pobūdžio. Architektūrinės savybės yra sinagogos stačiakampis planas, lemiantis jos monumentalų kompaktišką tūrį, bei valminė stogo forma. Pastato pamatai yra akmenų mūro, o sienos iš medinių rąstų. Fasadų apdaila ir puošyba kukli. Dalis langų angų panaikintos užkalus dailylentėmis, o išlikę langai su apvadais – autentiški. Taip pat saugoma yra ir fasadų architektūrinio sprendimo visuma, sudaryta iš profiliuotų medinių traukų po apatiniais langais, viršutinės sienų dalies horizontalaus, o po polangiais vertikalaus apkalimo medinėmis lentelėmis, paties pastato kampų apkalimo medinėmis lentelėmis ir medinių langų su apvadais.

Varėnos sinagogos vertingosios savybės susijusios ir su jos memorialine verte. Varėnos sinagoga bei vietos žydų gyvenimas paminėti 1930 m. Varėną aplankiusio P. Biržio-Akiro pastebėjimuose. Jis kalbėjosi su Varėnos rabinu Hiršu Jankeliu Bleimanu, kuris į Lietuvą atvyko iš Krymo 1922 m. P. Biržys-Akiras rašė: „Prieš karą Varėnoj buvo 3 žydų sinagogos ir apie 600 šeimynų. Dabar yra vos 70 šeimynų. Buvo 3 liaudies mokyklos, dabar tik viena. Sinagoga viena, atstatyta 1922 metais. Žydai turi savo liaudies banką, įsteigtą 1920 m., kuris 1929 m. turėjo vieną milijoną litų apyvartos“ (daugiau informacijos: http://gintarinesvajone.lt/2016/09/04/holokaustas-alytaus-apskrityje-1941-metais-3/). Tarpukariu Varėnos žydai turėjo keliolika parduotuvių, kartono fabrikėlį, knygyną. Dalis varėniškių žydų tarpukariu emigravo į JAV, Argentiną ir Palestiną. 1941 m. pirmomis rugsėjo dienomis abiejų Varėnų žydai buvo suvaryti į miestelio sinagogą. Čia jie buvo kalinami kelias dienas prieš išvežant sušaudyti. 1941 m. liepos 26 d. duomenimis, II Varėnoje gyveno 224 žydai (iš jų 28 vaikai iki 6 metų) ir 1517 kitų tautybių gyventojų. I Varėnos valsčiuje 1941 m. vasarą gyveno 267 žydai.

Po II-ojo pasaulinio karo beveik tris dešimtmečius Varėnos sinagogos pastate buvo įsikūrę Varėnos kultūros namai. Šiuo metu sinagogos pastatas priklauso privačiam asmeniui. Architektūros istorikės Marijos Rupeikienės teigimu, Lietuva yra viena iš nedaugelio šalių, kurioje yra išlikusios medinės sinagogos. Todėl šiais pastatais labai domisi įvairių kraštų mokslininkai, o vertingiausių Lietuvos sinagogų maketai ir brėžiniai, istorinės nuotraukos praturtina užsienio šalių muziejų ekspozicijas.